1906  Çaṃkara’s Gītābhāṣya toegelicht en beoordeeld, Amsterdam. – PhD thesis Leiden.
1907  Commentaar op Immanuel Kant’s prolegomena, Amsterdam (Immanuel Kant’s critiek der zuivere rede, voorafgegaan door de prolegomena 2).
– “Geleidelijke en springende klankverandering: een empirisch-psychologische studie.” TNTL 26: 204-223.
– “Beschouwingen over de schoolsche logica bij Hegel en bij de nieuwere Duitsche logici.” Tijdschrift voor wijsbegeerte 1: 271-315.
1910  “De alterneerende medeklinkers in het Indogermaansch.” Handelingen van het zesde Nederlandsche philologencongres gehouden te Leiden op woensdag 30 en donderdag 31 maart 1910, Amsterdam, pp. 98-107.
– “Afstandsdissimilatie van consonanten.” TNTL 29: 239-245.
1911  “Une théorie psychologique des changements consonantiques et son aplication à la phonétique des dialects basques.” Revue internationale des études basques 5: 169-193.
– Het medeklinkerstelsel van het Noord-Bevelandsch: een bijdrage tot de leer der klankwetten.” TNTL 30: 119-136.
– “De regels der afstandsmetathesis.” TNTL 30: 276-280.
1915  “Levensbericht van Jacob Samuel Speyer.” In: Handelingen en mededeelingen van de MNL te Leiden 1914-1915: 259-309.
1918  The Vaiçeṣika-system, described with the help of the oldest texts, Amsterdam (VKAW NR 18,2). – Repr. Wiesbaden 1969.
1919  Het sprookje van den verliefden grammaticus in verband met de vragen der taalwetenschap, Amsterdam. – Rede bij de aanvaarding van het ambt van buitengewoon hoogleeraar aan de universiteit van Amsterdam den 6en October 1919 uitgesproken.
– Review of: Herman Güntert, Indogermanische Ablautprobleme, Untersuchungen über Schwa secundum, einen zweiten Indogermanischen Murmelvokal, Strassburg 1916. Neophilologus 4,1: 167-169.
1921  “Het menschelijke en het eeuwige woord volgens de oude Indische wijsbegeerte.” De Nieuwe Gids 36,12: 854-877.
– “De compositie van Bādarāyaṇa’s Vedānta-sūtra,” abstract of paper read at the first congress of Het Oostersch Genootschap, 1921, Leiden. Verslag OG 1921, pp. 31-33.
1922  “De systematiek der syntaxis.” Neophilologus 7,3: 161-171.
1923  “The chapter (III, 3), the method of exegesis, in the Vedānta-Sūtra: paper read at the second congress of Het Oostersch Genootschap in Nederland, on the 21st of April, 1922.” AO 1: 105-113. – Abstract in Dutch in Verslag OG 1922, pp. 29-30.
– “De interpretatie der Kāṭhaka-Upaniṣad.” MKAW 55,1: 1-18.
– “Woord en zin.” Lezing gehouden voor de “Vereeniging van Leeraren in Levende Talen”, te Utrecht op 6 Juni 1922. Neophilologus 8,1: 1-9.
– “De compositie van de Kāṭhaka-Upaniṣad,” abstract of a paper read at the third congress of Het Oostersch Genootschap, 1923, Leiden. Verslag OG 1923, pp. 22-23.
1924  De taal: een academische les en sonnetten-cyclus, Amsterdam [1924].
1925  “Grammatische en psychologische relaties.” De Nieuwe Taalgids 19: 130-143.
1926  “The catalogue of sciences in the Chāndogya Upaniṣad (VII,1,2).” AO 4: 42-54, 133 (addendum). – Transl. of a paper read at the fourth congress of Het Oostersch Genootschap, 1925, Leiden; abstract in Dutch in Verslag van het vierde congres [van het] Oostersch Genootschap in Nederland, gehouden te Leiden op 5 en 6 januari 1925, Leiden, pp. 38-39..
– “The thirteenth month in ancient Hindu chronology.” AO 4: 124-133.
1927  “Ritualistic dadaism.” AO 5: 177-196.
1929  “The mnemotechnics of Pāṇini’s grammar, I: the Siva-Sūtra.” AO 7: 48-65.
1931  Review of: F. Gelpke, Anantabhaṭṭas Padārthaprakāśa, Göttingen 1929. OLZ 34: 572-574.
1932  Gîta-gôwinda: pastorale van Djajadêwa, in Nederlandsche verzen overgebracht [uit het Sanskriet], Santpoort.
1933  Djajadêwa, drama in twee deelen, Santpoort. – 2e gewijzigde dr. Den Haag 1947.
1935  The Pravacana-sāra of Kuṇḍa-Kuṇḍa Ācārya: together with the commentary, Tattva-dīpikā, by Amṛtacandra Sūri ; English transl. [from the Prakrit]; ed. with an introd. by F. W. Thomas, Cambridge (Jaina Literature Society Series 1).
1936  Studies on Pāṇini’s grammar, Amsterdam (VKAW NR 38,1).
– Het spreken en zijn voorbereiding, Amsterdam.
– Review of: P. Thieme, Pāṇini and the Veda, Allahabad 1935. OLZ 39: 546-549.
1938  “Phonetics and phonology.” MKNAW NR 1,10: 485-529.
1939  “Indische Ethiek.” Algemeen Nederlands tijdschrift voor wijsbegeerte en psychologie 32 (1938-1939): 10-19.
1947  “Mṛcchakaṭikā and king Lear.” In: The Kern Institute (ed.), India antiqua: a volume of oriental studies presented by his friends and pupils to Jean Philippe Vogel, C.I.E. on the occasion of the fiftieth anniversary of his doctorate, Leyden, pp. 113-123.
– “Wijsbegeerte van Indië.” In: H. van Oyen (red.), Philosophia: beknopt handboek tot de geschiedenis van het wijsgeerig denken, vol.1: Indië – Renaissance, Utrecht, pp. 1-19.
1948  “The Semitic and Sanskrit alphabets.” In: Orientalia Neerlandica: a volume of Oriental studies, published under the auspices of the Netherlands Oriental Society (Oostersch Genootschap in Nederland) on the occasion of the twenty-fifth anniversary of its foundation (May 8th 1945), Leiden, pp. 261-272.
– Review of: J.Ph. Vogel, De zegelring van Râksjasa, door Wisjâkadatta, Indisch toneelspel in het Nederlands vertaald, Leiden 1946. De Gids 111,3: 58-61.
1951 Studies on the Sāmaveda, part 1, Amsterdam (VKNAW NR 57,1).
– “Analyse van een Amsterdamse klankwet.” In: P.J. Meertens e.a. (red.), Album dr Louise Kaiser, Alphen aan den Rijn, pp. 26-30.
1952  Oud-Indische mystiek, Utrecht. – Toespraak gehouden voor het Humanistisch Verbond te Arnhem.