1884  Bijdrage tot de vergelijkende klankleer der Westerse afdeling van de Maleis-Polynesische taalfamilie, Utrecht. – PhD thesis Leiden University.
1885  “Transcriptie van vier Oud-Javaansche oorkonden op koper, gevonden op het eiland Bali, in samenwerking met Dr. H.N. van der Tuuk.” TBG 30: 603-624.
1886  Introduction to: N. Rinnooy, Maleisch-Kissersche woordenlijst. TBG 31: 149-165.
– “Een Nâgarî-opschrift, gevonden tusschen Kalasan en Prambanan.” TBG 31: 240-261.
– “Nog eenige sporen van de oudheidkundige verrichtingen van den Luitenant der Genie H.C. Cornelius.” TBG 31: 597-614.
1887  “Aanteekeningen omtrent de op verschillende voorwerpen voorkomende inscripties en een voorloopige inventaris der beschreven steenen,” bijvoegsel tot W.P. Groeneveldt, Catalogus der Archaeologische Verzameling van het Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen, Batavia.
– Schets-Taalkaart van Sumatra, samengesteld door K.F. Holle, … en met medewerking van het Topographisch Bureau te Batavia en Dr. J.L.A. Brandes, Ambtenaar voor de Indische taalkunde, Batavia.
– “Surat kepada redaktur majalah bulanan Maandschrift voor de huiselijke opvoeding en het schoolwezen in Ned. Indië, membicarakan turunan beberapa nama tempat bahasa Jawa.” Maandschrift I (1886-87): 490-504. – Brief aan den Redacteur van het Maandschrift, handelende over de afleiding van eenige Javaansche plaatsnamen.
1888  “Nota betreffende de verzameling abklatschen van steenopschriften door het eerelid Dr. R.D.M. Verbeek aan het Genootschap geschonken.” Notulen BG 26 (bijlage II): 7-19.
1889  “Een Jayapattra of acte van eene rechterlijke uitspraak van Çaka 849.” TBG 32: 98-150.
– “Naar aanleiding van Prof. A.C. Vreede’s kantteekeningen.” TBG 32: 150-211.
– “Drie koperen platen uit den Mataramschen tijd, gevonden in de residentie Krawang.” TBG 32: 338-362.
– “Nog iets over een reeds vroeger gepubliceerden piagĕm van Sultan Agĕng.” TBG 32: 363-367.
– “Iets over een ouderen Dipanĕgara in verband met een prototype van de voorspellingen van Jayabaya.” TBG 32: 368-431.
– “De inkt gebezigd voor het schrijven der Oud-Javaansche handschriften uit de 14de en 15de Çaka-eeuw.” TBG 32: 438-440.
– “Een Oud-Javaansch alphabet van Midden-Java.” TBG 32: 441-445.
– “De tekst van de prozabewerking van de Babad Tanah Djawi gecastigeerd.” TBG 32: 556.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang.” TBG 32: 557-601.
1890 “De koperen platen van Sĕmbiran (Boeleleng, Bali), oorkonden in het Oud-Javaansch en het Oud-Balineesch.” TBG 33: 16-56.
– “De huidskleur der Javanen volgens henzelf.” TBG 33: 600.
1891  “Het onderzoek naar den oorsprong van de Maleische Hikajat Kalila dan Damina ingeleid.” In: Feestbundel aan Prof. M. J. de Goeje op den 6den Oct. 1891 aangeboden door eenige oud-leerlingen, Leiden, pp. 79-110.
– “Een nieuwe bewerking van de Sĕrat Aji Saka.” TBG 34: 106.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang [eerste vervolg].” TBG 34: 605-625.
1893  “Verslag over een afschrift van twee Babads, de Babad Băsuki en de Babad Bandawasa, ontvangen van den Heer H.E. Steinmetz, Assistent-Resident te Bondowoso.” Notulen BG 31 (bijlage VIII): 47-85.
– “Verslag over de papieren der bĕkĕlan (patinggi) van de wong sawidaksanga in de desa Tjigugur (Mandala, Sukapura, Preanger Regentschappen).” Notulen BG 31 (bijlage XI): 95-118.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang [tweede vervolg].” TBG 35: 110-127.
– “Eenige foutieve eigennamen in de door Meinsma uitgegeven prozabewerking van den Babad Tanah Jawi.” TBG 35: 127.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang [derde vervolg].” TBG 35: 209-214.
– “Een verslag van Prof. A.C. Vreede omtrent eene verzameling Javaansche en Madoereesche handschriften.” TBG 35: 443-479.
– “Een paar bijzonderheden uit een handschrift van de Hikajat Kalila dan Damina.” TBG 36: 394-416.
– “Nog een Javaansch geheimschrift.” TBG 36: 418-419.
1894  Nota over de Pěpakěm Tjěrbon, Batavia.
– “Toelichting tot de schetstaalkaart van Celebes, samengesteld door den Heer K.F. Holle.” Notulen BG 32 (bijlage II) : 15-34.
– “Een relief aan de Tjandi Mĕndut en een fabel uit de Tantri, ‘de brahmaan, de krab, de kraai en de slang’.” In: Feestbundel van taal-, letter-, geschied- en aardrijkskundige bijdragen ter gelegenheid van zijn tachtigsten geboortedag aan Dr. P.J. Veth, door eenige vrienden en oud-leerlingen aangeboden , Leiden, pp. 145-148.
– “Dwerghert-verhalen uit den Archipel: Javaansche verhalen.” TBG 37: 27-49.
– “Dwerghert-verhalen uit den Archipel: Maleische verhalen.” TBG 37: 60-64.
– “Kaya kumĕndur angĕdjawa (bladvulling).” TBG 37: 112.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang [vierde vervolg].” TBG 37: 119-126.
– “Dwerghert-verhalen uit den Archipel. Javaansche verhalen. De door de firma G.C.T. van Dorp te Sĕmarang uitgegevene Sĕrat Kantjil.” TBG 37: 127-144.
– “Verslag over een Babad Balambangan.” TBG 37: 325-365.
– “Dwerghert-verhalen uit den Archipel: Maleische verhalen.” TBG 37: 366-389.
– “Warung, bata en wangan (bladvulling).” TBG 37: 400.
– “Yogyakarta.” TBG 37: 415-448.
– “Eenige officieele stukken met betrekking tot Tjĕrbon.” TBG 37: 449-488.
– “Een Javaansche preek van den duivel.” TBG 37: 506-512.
1895  Serat Djildjalaha : Dr. Brandes mastani Een preek van den duivel / anggitanipoen Aboe R…, Samarang, 39 p. – in het Javaansch
1895  “Nadere opmerkingen over de Maleische bewerkingen van de geschiedenis der tien vizieren, Hikajat Golam (Hik. Zadabaktin, Hik. Azbak), Hik. Kalila dan Damina (laatste gedeelte), en de daarvan te onderscheiden, bij de Maleiers voorhanden uiteenloopende Hikayat’s Baktiyar.” TBG 38: 191-273.
– “Nalezing op het verslag over een Babad Balambangan.” TBG 38: 283-288.
– “Uittreksels ter vergelijking met hetgeen door den Heer G.H. Niemann gepubliceerd werd uit een Hikayat Bayan Budiman in zijne bloemlezing uit Maleische geschriften.” TBG 38: 379-403.
– “Het Damar Wulan verhaal in Lakonvorm.” TBG 38: 457-485.
1896  Pararaton (Ken Arok), of Het boek der koningen van Tumapĕl en van Madjapahit, uitgeg. en toegelicht, Batavia (Verhandelingen BG 49,1). – 2e dr bewerkt door N.J. Krom et al., Batavia 1920 (Verhandelingen BG 62).
1897  Editor of: H.N. van der Tuuk (1824-1894), Kawi-Balineesch-Nederlandsch woordenboek, Batavia, deel I. – Dl. I-III uitg. door J. Brandes (1897, 1899 and 1901), dl. IV door D.A. Rinkes (1912).
1898  “Taal- en Oudheidkunde.” In: [J.F. van Bemmelen (red.)], Nederlandsch-Indië onder het regentschap van Koningin Emma, 1890-1898.” Batavia, pp. 40-56.
1899  Editor of: H.N. van der Tuuk (1824-1894), Kawi-Balineesch-Nederlandsch woordenboek, Batavia, deel II. – Dl. I-III uitg. door J. Brandes (1897, 1899 and 1901), dl. IV door D.A. Rinkes (1912).
– “Concordantie van de Oudheden in ’s Genootschaps Museum, beschreven in Groeneveldt’s catalogus en afgebeeld in den vroegeren catalogus van Dr. W.R. van Hoëvell en R. Friederich.” Notulen BG 37 (bijlage III): 25-29.
– “Nota naar aanleiding van de lijst van Kalangwoorden.” Notulen BG 37 (bijlage IV), pp. 32-34.
– “Mededeeling over eenige bijzonderheden der metriek, het notenschrift en de geschiedenis van het schrift der Javanen.” Notulen BG 37 (bijlage VII): 41-56.
– “De maandnaam Hapit.” TBG 41: 19-31.
– “De inhoud van de groote Hikayat Baktiyar, volgens eene aanteekening van Dr. H.N. van der Tuuk.” TBG 41: 292-299.
– “Iets over het Papegaai-boek, zooals het bij de Maleiers voorkomt.” TBG 41: 431-497.
1900  Een plattegrond van Batavia van 1632 : (met een kaartje), [Weltevreden].
– Register op de proza-omzetting van de Babad Tanah Jawi (uitgave van 1874) , Batavia (Verhandelingen BG 51,4).
– Taalkaart van de Minahasa / [samengesteld door J. Brandes naar gegevens van J. Alb. T. Schwarz], [s.l.].
– “Opmerking aangaande een relief aan den buitenkant van de trap van Tjandi Mĕndoet, Notulen BG 38 (bijlage X), pp. 69-77.
– “Bladvulling betreffende het citeeren uit palmbladschriften.” TBG 42: 102-104.
– “Van Oud-Batavia, losse mededeelingen.” TBG 42: 105-130.
– “Nog eenige Javaansche piagĕm’s uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang (vijfde vervolg).” TBG 42: 131-134.
– “Omina et portenta.” TBG 42: 323-343.
– “Aanvulling van het opstel over ‘Oude woningen in de stad Batavia’, van den Heer H.D.H. Bosboom.” TBG 42: 348-356.
– “Een hofreis naar Mataram om en bij 1648 (bladvulling).” TBG 42: 387-392.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang (zesde vervolg).” TBG 42: 491-507.
1901 Beschrijving der Javaansche, Balineesche en Sasaksche handschriften, aangetroffen in de nalatenschap van dr. H.N. van der Tuuk en door hem vermaakt aan de Leidsche Universiteitsbibliotheek, 1: Adigama – ender, Batavia. – Part 2 and 3 are published in 1903 and 1915 resp.; part 4 (Teksten zonder bekenden titel) is edited by H.N. van der Tuuk, Batavia 1926.
– Editor of: H.N. van der Tuuk (1824-1894), Kawi-Balineesch-Nederlandsch woordenboek, Batavia, deel III. – Dl. I-III uitg. door J. Brandes (1897, 1899 and 1901), dl. IV door D.A. Rinkes (1912).
– “Driemaandelijksch rapport over juli, augustus en september 1901.” Rapporten CNI 1901 [1904]: 1-4.
– “Driemaandelijksch rapport over october, november en december. 1901.” Rapporten CNI 1901 [1904]: 5-17.
– Nog eens over de beelden van Tjandi Toempang, Notulen BG 39 (bijlage III): 8-36.
– “Eene fraaie variatie van het olifant-visch of makara-ornament.” Notulen BG 39 (bijlage VI): 109-119.
– “Van Oud-Batavia, losse mededeelingen.” TBG 43: 1-35.
– “Dwerghert-verhalen buiten den Archipel.” TBG 43: 226-248 en 275-289.
– “Een plattegrond van Batavia.” TBG 43: 249-274.
– “Arya Penangsang’s rechten en pogingen tot herstel daarvan.” TBG 43: 488-491.
– “Van Oud-Batavia, losse mededeelingen.” TBG 43: 493-553.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang, (zevende vervolg).” TBG 43: 577-582.
– “Twee oude berichten over de Boroboedoer.” TBG 44: 73-84.
– “Djakuwes in de Babad tijdens de belegering van Batavia. – Jacques Lefèbvre, mededeeling.” TBG 44: 286-288.
1902  Nâgarakrĕtâgama: lofdicht van Prapanjtja op Koning Rasadjanagara, Hajam Wuruk, van Madjapahit, uitgegeven naar het eenige daarvan bekende handschrift aangetroffen in de puri te Tjakranagara op Lombok, Batavia (Verhandelingen BG 54,1).
– Eenige uiteenzettingen, Batavia.
– “Notice sur une espèce de draperie ornamentale des anciens monuments hindous de Java Central.” In: Hommage au Congrès des Orientalistes de Hanoi de la part du Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen, Batavia, pp. 7-14.
– “Une forme verbale particulière du Toumbulu.” In: Hommage au Congrès des Orientalistes de Hanoi de la part du Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen, Batavia, pp. 45-52.
– “Aanvulling van de mededeeling over de in relief afgebeelde dierenfabels op het terrein van Panataran.” Notulen BG 40 (bijlage II): 29-35.
– “Het gevaarvolle van het verklaren van de relieftableaux aan de oude ruïnen op Java te vinden, als men den betrokken tekst niet kent, toegelicht aan een voorbeeld genomen uit de schilderijen aan het Pendapa terras te Panataran.” Notulen BG 40 (bijlage III): 36-47.
– “Over kaarten en platen betreffende Oud-Batavia.” Notulen BG 40 (bijlage V): 51-62.
– “Het olifant- en face stuk op het ruggestuk van No. 262 van de Archaeologische Verzameling van het Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen.” Notulen BG 40 (bijlage XI).
– “Drie leeuwekoppen en face uit de Kedoe.” Notulen BG 40 (bijlage XII): 110-118.
– “De hoofdbeelden op de voorsprongen van den teerling der Tjandi Mĕndoet (Padmapâni, Tārā en Bhrĕkutitârâ).” Notulen BG 40 (bijlage XIII): 119-138.
– “Nadere mededeelingen over de Tjandi Mĕndoet.” Notulen BG 40 (bijlage XV): 141-153.
– “Driemaandelijksch rapport over januari, februari en maart 1902.” Rapporten CNI 1902 [1904]: 1-2.
– “Driemaandelijksch rapport over april, mei en juni 1902.” Rapporten CNI 1902 [1904]: 3-15.
– “Tjandi Bima, beschreven voor zoover als reeds doenlijk is.” Rapporten CNI 1902 [1904]: 16-30.
– “Driemaandelijksch rapport over juli, augustus en september 1902.” Rapporten CNI 1902 [1904]: 31-34.
– “Driemaandelijksch rapport over october, november en december. 1902.” Rapporten CNI 1902 [1904]: 156-158.
– “Van Oud-Batavia, losse mededeelingen.” TBG 45: 1-29.
– “Bijschrift bij de door den Heer Neeb gezonden photo’s van oudheden in het Djambische.” TBG 45: 128-133.
– Inleiding op: “Kaart van Oud-Bantĕn (Bantam), in gereedheid gebracht door wijlen Mr. L. Serrurier.” TBG 45: 257-262.
– “Lo Tong, een Javaansch reflex van een Chineeschen ridderroman.” TBG 45: 263-271.
– “Nog eenige Javaansche piagĕms uit het Mohammedaansche tijdvak, afkomstig van Mataram, Bantĕn en Palembang (achtste vervolg).” TBG 45: 272-275.
– “Van Oud-Batavia, losse mededeelingen.” TBG 45: 289-332.
1903  Beschrijving der Javaansche, Balineesche en Sasaksche handschriften, aangetroffen in de nalatenschap van dr. H.N. van der Tuuk en door hem vermaakt aan de Leidsche Universiteitsbibliotheek, 2: Ghaṭotkatjaçaraṇa-Putrupasadji, Batavia 1903. – Part 1 and 3 are published in 1901 and 1915 resp.; part 4 is edited by H.N. van der Tuuk, Batavia 1926.
– “Het infix in niet een infix om passieve vormen te maken, maar de tijdsaanwijzer om aan een vorm de waarde te geven van een gedecideerd afgeloopen handeling.” In: Otto von Böhtlingk … [et al.], Album-Kern: opstellen geschreven ter eere van Dr. H. Kern, hem aangeboden door vrienden en leerlingen op zijn zeventigsten verjaardag den VI. April 1903 , Leiden, pp. 199-204.
– “Kern en de Archipel,” extra Bijvoegsel van de Javabode van 6 April 1903.
– “Nieuwe mededeelingen over de Tjandi Mĕndoet.” Notulen BG 41: 75-89.
– “Verbetering en aanvulling van de aanteekening bij de Mededeeling over de hoofdbeelden op de voorsprongen van den teerling der Tjandi Mĕndoet.” Notulen BG 41 (Bijlage II): 5-11.
– “De wedloop van den Garuda met de schildpadden in relief op Midden-Java teruggevonden en eene gissing tot verklaring van de vreemde voorstelling op Oost-Java van de fabel van de ganzen met de schildpad.” Notulen BG 41 (bijlage III): 12-13.
– “Het Nirwâna-tooneel en de Baraboedoer.” Notulen BG 41 (bijlage VIII): 19-22.
– “Driemaandelijksch rapport over januari, februari en maart 1903.” Rapporten CNI 1903 [1905]: 1-7.
– “Driemaandelijksch rapport over april, mei en juni 1903.” Rapporten CNI 1903 [1905]: 8-62.
– “Driemaandelijksch rapport over juli, augustus en september 1903.” Rapporten CNI 1903 [1905]: 63-68.
– “Driemaandelijksch rapport over october, november en december 1903.” Rapporten CNI 1903 [1905]: 69-77.
– “Insluimeren van het gevoel voor de symbolieke waarde van ornament ook in de Chineesche kunst op te merken.” TBG 46: 97-107.
– “Verslag van het Internationaal Oriëntalistencongres te Hanoi van 1-6 December 1902.” TBG 46: 481-512.
1904  Beschrijving van de ruïne bij de desa Toempang genoemd Tjandi Djago, in de residentie Pasoeroean, samengesteld naar de gegevens verstrekt door H.L. Lydie Melville en J. Knebel, ’s-Gravenhage-Batavia (Archaeologisch Onderzoek op Java en Madoera 1).
– “In Memorium of Géheimart Bastian.” JSS 2: 70.
– “Het dak van Tjandi Pawon en de daken der hoofdtempels te Prambanan.” Notulen BG 42 [1905] (bijlage II): 19-22.
– “Toelichting op het rapport van den Controleur der onderafdeeling Lematang-ilir van de in die streek aangetroffen oudheden.” Notulen BG 42 [1905] (bijlage VI): 50-52.
– “Naschrift op het stuk ‘Beschuldiging of verdachtmaking’ door Dr. J. Groneman.” Notulen BG 42 [1905] (bijlage XII): 92-99.
– “Naar aanleiding der mededeeling van J.L.A. Brandes, Notulen december 1904, VIII (pag.129-134).” Notulen BG 42 [1905] (bijlage XVI): 117-148. – Over eene Hollandsche Babad-vertaling.
– “Driemaandelijksch rapport over januari, februari en maart 1904.” Rapporten CNI 1904 [1906]: 1-7.
– “Driemaandelijksch rapport over april, mei en juni 1904.” Rapporten CNI 1904 [1906]: 8-11.
– “Driemaandelijksch rapport over juli, augustus en september 1904.” Rapporten CNI 1904 [1906]: 12-16.
– “De troon van de hoofdkamer van den hoofdtempel van het Tjandi-Sewoe-complex, vergeleken met de tronen van de tjandi Mendoet en de tjandi Kalibening of Kalasan.” Rapporten CNI 1904 [1906]: 159-170.
– “Driemaandelijksch rapport over october, november en december 1904.” Rapporten CNI 1904 [1906]: 171-174.
– “De waarde van Tjandi Prambanan tegenover de andere oudheden van Java en een hartig woord over de deblayeering.” TBG 47: 414-432.
– “Enkele oude stukken, betrekking hebbende op Oud-Javaansche opschriften en bewaard in de Rijks-Universiteitsboekerij te Leiden.” TBG 47: 448-460.
– “Een puzzle opgehelderd (Het Lingga-voetstuk van Singasari).” TBG 47: 461-467.
– “De verzameling gouden godenbeelden gevonden in het gehucht Gĕmoeroeh, bij Wanasaba, en naar aanleiding daarvan iets over Harihara en de geschiedenis van het uiterlijk van Garuda op Java.” TBG 47: 552-577.
1906 “De Makara als haartressieraad.” TBG 48: 21-36.
– “Een Buddhistisch monniksbeeld en naar aanleiding daarvan het een en ander over eenige der voornaamste mudrâ’s.” TBG 48: 37-56.
1909  Beschrijving van Tjandi Singasari; en De wolkentooneelen van Panataran, samengesteld naar de gegevens verstrekt door H.L. Leydie Melville en J. Knebel o.l.v. J.L.A. Brandes; benevens eene herdenking van J.L.A. Brandes door G.P. Rouffaer, ’s-Gravenhage-Batavia (Archaeologisch onderzoek op Java en Madura 2).
1911  Babad Tjerbon, uitvoerige inhoudsopgave en noten door wijlen J.L.A. Brandes, met inl. en bijbehoorenden tekst uitg. door D.A. Rinkes, Batavia-’s Hage (Verhandelingen BG 59,2,1).
1913  Oud-Javaansche oorkonden, nagelaten transscripties uitgegeven door N.J. Krom, Batavia-‘sHage (Verhandelingen BG 60).
– “Slecht werk aan de Hindu-oudheden op Java.” ROD 1913 [1914]: 13-23.
– “Fout of finesse.” ROD 1913 [1914]: 24-34.
1915  Beschrijving der Javaansche, Balineesche en Sasaksche handschriften, aangetroffen in de nalatenschap van dr. H.N. van der Tuuk en door hem vermaakt aan de Leidsche Universiteitsbibliotheek, 3: Rabut Sakti-Yusup, Batavia 1915. – Part 1 and 2 are published in 1901 and 1903 resp.; part 4 is edited by H.N. van der Tuuk, Batavia 1926.
1930 Opstellen, verschenen in het Tijdschrift voor Indische Taal-, Land- en Volkenkunde en in de notulen van de algemeene en directievergaderingen van het Koninklijk Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen: uitgave ter gelegenheid van de herdenking van zijn sterfdag, 1905-26 Juni-1930 , 4 vols. [Batavia].
1931  “Het probleem van de Maleische Hikâyat Kalilah dan Daminah.” TBG 71: 172-185. – Fragment aangetroffen in Brandes’ nalatenschap, Notulen BG 44, no. 148 van de inventory.