Beekes’ publications on general (Proto)-Indo-European and Indo-Iranian linguistics are:
1969  The development of the Proto-Indo-European laryngeals in Greek, [translated from the Dutch by T.S. Preston], The Hague. – PhD thesis Leiden; also published as Janua linguarum, series practica 42.
1971  Review of: G. Cardona, On haplology in Indo-European, Philadelphia 1968. Lingua 26: 210-214.
1972  Review of: R. Anttila, Proto-Indo-European Schwebeablaut, Berkeley 1969. IIJ 14: 68-74.
1973  “The proterodynamic perfect.” KZ 87: 86-98.
– Review of: E.A. Hahn, Naming constructions in some Indo-European languages, Cleveland Ohio 1969. Mnemosyne 26: 399-401.
1974  De wortels van het Indo-Europees, Leiden. – Inaugural lecture.
1975  “Two notes on PIE stems in dentals.” In: H. Rix (ed.), Flexion und Wortbildung, Akten der V. Fachtagung der Indogermanischen Gesellschaft, Regensburg, 9-14 September 1973, Wiesbaden, pp. 9-14.
1976  “Uncle and nephew.” JIES 4: 43-63.
– Review of: E. Seebold, Das System der indogermanischen Halbvokale: Untersuchungen zum sogenannten ‘Sieversschen Gesetz’ und zu den halbvokalhaltigen Suffixen in den indogermanischen Sprachen, besonders im Vedischen, Heidelberg 1972. IIJ 18: 88-96.
1979  “GAv. azāθā and asrū(ž)dūm.” MSS 38: 5-8.
– “GAv. uzirǝidyāi and rārǝša-.” MSS 38: 9-20.
1981  “Intervocalic laryngeal in Gatha-avestan.” In: Yoël L. Arbeitman & Allan R. Bomhard (eds), Bono homini donum: essays in historical linguistics in memory of J. Alexander Kerns, Amsterdam, pp. 47-64.
– “The subjunctive endings of Indo-Iranian.” IIJ 23: 21-27.
– “The neuter plural and the vocalisation of the laryngeals in Avestan.” IIJ 23: 275-287.
– “The disyllabic reduplication of the Sanskrit intensives.” MSS 40: 19-25.
1982  “GAv. mā̊, the PIE word for ‘moon, month’, and the perfect participle.” JIES 10: 53-64.
1983  “On laryngeals and pronouns.” KZ 96: 200-232.
–“PIE ‘sun’.” MSS 43: 5-8.
1985  The origins of the Indo-European nominal inflection, Innsbruck.
– “Skt. uttāná-.” KZ 98: 47-48.
1986  “De oorsprong van de Indo-europese nominale flectie.” Lampas 19: 100-114.
– Review of: A. Bammesberger, Studien zur Laryngaltheorie, Göttingen 1984. Kratylos 31: 70-75.
1987  “PIE neuter i-stems.” In: G. Cardona, N.H. Zide (eds), Festschrift for Henry Hoenigswald on the occasion of his seventieth birthday, Tübingen, pp. 21-26.
– “On Indo-European ‘wine’.” MSS 48: 21-26.
– “The word for ‘four’ in Proto-Indo-European.” JIES 15: 215-219.
– “The PIE words for ‘name’ and ‘me’.” Die Sprache 33 [1989]: 1-12.
1988  A grammar of Gatha-Avestan, Leiden.
– “The origin of the Indo-European pronominal inflection”. In: M. Jazayery, W. Winter (eds), Studies in honor of Edgar C. Polomé, Berlin, pp. 73-87.
– “Laryngeal developments: a survey.” In: A. Bammesberger (ed.), Die Laryngaltheorie und die Rekonstruktion des indogermanischen Laut- und Formensystems, vol. 1, Heidelberg, pp. 59-105.
1989  “The nature of the Proto-Indo-European laryngals.” In: Th. Vennemann (ed.), The new sound of Indo-European, Berlin-New York, pp. 23-33.
– “The Indo-Iranian ending *-āsas and its Germanic cognates.” In: K. Heller, O. Panagl, J Tischler (Hrsg.), Indogermanica Europea, Festschrift für Wolfgang Meid, Graz (Grazer Linguistische Monographien 4), pp. 29-44.
– “Old Persian p-θ-i-m.” MSS 50: 7-13.
– Review of: A.J. Nussbaum, Head and horn in Indo-European, Berlin 1986. Kratylos 34: 55-59.
1990  Vergelijkende taalwetenschap: een inleiding in de vergelijkende Indo-europese taalwetenschap, Utrecht (Aula paperback).
– “The importance of Sanskrit for the laryngeal theory.” In: S.R. Banerjee (ed.), Essays on Indo-European linguistics: proceedings of the seminar on Indo-European linguistics held on 1-2 February 1986, Calcutta: Asiatic Society, pp. 77-87.
– “Wackernagel’s explanation of the lengthened grade.” In: Heiner Eichner, Helmut Rix (Hrsg.), Sprachwissenschaft und Philologie: Jacob Wackernagel und die Indogermanistik heute, Wiesbaden, pp. 33-53.
1991  Review of: A. Bammesberger (ed.), Die Laryngaltheorie und die Rekonstuktion des indogermanischen Laut- und Formensystems, Heidelberg 1988. Amsterdamer Beiträge zur älteren Germanistik 33: 237-245.
– Review of: A. Bammesberger (ed.), Die Laryngaltheorie und die Rekonstuktion des indogermanischen Laut- und Formensystems, Teil 2, Heidelberg 1990. Amsterdamer Beiträge zur älteren Germanistik 34: 157.
1992  & Alexander Lubotsky und Jos Weitenberg (Hrsg.), Rekonstruktion und relative Chronologie: Akten der VIII. Fachtagung der Indogermanischen Gesellschaft, Leiden, 31. August-4. September 1987 , Innsbruck (Innsbrucker Beiträge zur Sprachwissenschaft 65).
1994  “The neuter plural of thematic nouns: derivatives from a stem in -e- from thematic nouns.” In: George E. Dunkel et al. (eds), Früh-, Mittel-, Spätindogermanisch, Akten der IX. Fachtagung der Indogermanischen Gesellschaft vom 5. bis 9. Oktober 1992 in Zürich, Wiesbaden, pp 1-15.
– “Who were the laryngeals?” In: J. Rasmussen (ed.), In honorem Holger Pederson: Kolloquium der Indogermanischen Gesellschaft vom 26. bis 28. März 1993 in Kopenhagen, Wiesbaden, pp. 449-454.
– “‘Right’, ‘left’ and ‘naked’ in Proto-Indo-European.” Orbis 37: 87-96.
1995  Comparative Indo-European linguistics: an introduction, Amsterdam-Philadelphia. – rev. and corrected ed. by Michiel de Vaan, Amsterdam 2011.
1997  “Historical phonology of Iranian.” JIES 25: 1-26.
– The articles on Physical World, In: J.P. Mallory, D.Q. Adams (eds), Encyclopedia of Indo-European Culture, London/Chicago.
– Review of: Heinrich Hettrich (Hrsg.), Verba et structurae: Festschrift Klaus Strunk, Innsbruck 1995. Kratylos 42: 36-39.
2003“Indo-European or substrate? φάτνη and κῆρυξ.” In: Alfred Bammesberger en Theo Vennemann (red.), Languages in Prehistoric Europe, Heidelberg, pp. 109-116.
2004 “Armenian gišer and the Indo-European word for “evening”.” In: Adam Hyllested e.a. (red.), Per aspera ad asteriscos: Studia Indogermanica in honorem Jens Elmegård Rasmussen sexagenarii Idibus Martiis anno MMIV, Innsbruck, pp. 59-61.
2005-& Alexander Lubotsky compiler of the Leiden Indo-European Etymological Dictionary Series (IEED)
2008“Palatalized consonants in Pre-Greek.” In: Alexander Lubotsky e.a. (red.), Evidence and counter-evidence: essays in honour of Frederik Kortlandt, Amsterdam, pp. 45-56.